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申办专业报关企业必须按照以下程序进行：
1．向海关提出申请
要求开办专业报关企业，应当依据工商行政管理法规，向工商行政管理部门申请企业名称预先核准手续，然后，向海关提出正式的书面申请，并提交以下文件资料：
(1)书面申请报告；
(2)申请企业上级主管部门的批准文件；
(3)可行性研究报告；
(4)专业报关企业章程；
(5)工商行政管理部门核发的《企业名称预先核准通知书》。
2．海关审核
企业所在地海关接到企业的申请报告及有关文件资料后，要对申请企业递交的所有文件资料进行审核，判断申办企业是否具备规定的资格条件，经审核认为符合设立专业报关企业条件的，要提出审核意见并随附上述文件资料报海关总署审批。
3．海关总署作出审批决定
海关总署在接到申请企业所在地海关报送的审核意见及文件资料后，应当依据有关规定进一步复核这些文件资料，并在30日内作出是否批准的决定，通知报送海关，由报送海关将审批决定告知申办企业。
4．申办企业申领《营业执照》
经海关总署批准成立的专业报关企业，凭海关总署的批准文件向工商行政管理部门申领企业法人《营业执照》。
5．向海关申请报关注册登记
经海关总署批准成立的专业报关企业，必须递交以下文件资料的正本或复印件，向海关办理报关注册登记。
(1)《专业报关企业注册登记申请书》；
(2)海关总署的批准文件；
(3)工商行政管理部门核发的《营业执照》；
(4)《企业情况登记表》；
(5)《企业管理人员情况表》；
(6)财政部门或其他法律规定的部门出具的验资报告及开户银行账号；
(7)法定代表人及其授权的主管报关业务的负责人和报关员的姓名、联系电话和身份证号码；
(8)专业报关企业印章、报关专用章、企业负责人或主管报关业务的负责人和报关员印章(或签字)备案文件；(9)海关认为需要的其他文件。
6.海关核发《专业报关企业注册登记证书》
海关对申办企业递交的有关文件资料进行审核，对符合条件的，海关核发《专业报关企业注册登记证书》。专业报关企业在获得《专业报关企业注册登记证书》后始得营业。
